22XX年，随着天堂事件的结束，Σ芯片也已彻底消灭，经过重建的克罗西亚，保持它向来的安宁与和平，可是在这安宁的背后，却在酝酿着另一场更大的危机，时光在一天天飞逝，转眼，已过了六年，经过六年的不断变革，综合国力明显增强，但是随之而来的能源问题却日趋显著，为了缓解能源压力，各国都纷纷制力于研究开发新能源，而我们，也将着手开发新能源，但是，一切究竟是好事还是坏事呢？于是，当人们渴望和平的同时，危机也悄然降临了……
（六年后•克罗西亚政府总部）
埃米鲁：“那么，对于这次开发新能源的事，想必你们都听说了吧…”
塞布利：“对，目前为止，新能源还处在试验阶段。而且各国也只是有这个准备而已。”
埃米鲁：“我想，是时候可以应用新能源了。”
塞布利：“不行，现在运用的话会有危险的，而且，开发新能源的事也不是我们可以左右的。”
埃米鲁：“我知道了，那么，请让我去见你们的统治者吧。”
塞布利：“哦？”
（大殿）
Axl：“对于自发组织‘托玛斯启示’（以下简称‘TA’），已经久闻大名。”
埃米鲁：“殿下，对于新能源的开发，您有何看法呢？”
Axl：“经过六年多的时间，克罗西亚和整个世界经历了太多太多的战乱，而且目前为止，能源已经过剩无几，如果再不应用，有可能会造成更严重的后果。”
埃米鲁：“这么说您同意了？”
Axl：“我还没说完，埃米鲁，我知道你是一番好意，但历史上出现过许多次由新能源而引发的危机，请原谅我没法答应你的要求。”
埃米鲁：“这样啊，那么，请您耐心等待吧，我相信我们一定能早日用上新能源的。”
Axl：“恩，我也是这么认为的。”
埃米鲁：“那么殿下，我们再见吧。”
Axl：“您请慢走。”
（数日后•‘TA’总部里某人发表着演讲…）
埃米鲁：“尊敬的人类，还有半机械人们，在这里先给大家行个大礼。”（鞠躬）
*鼓掌声*
埃米鲁：“其实，你们一直都在为自己所能用的少之又少的能源发愁吧。但是，你们再也不用发愁了，我已经亲身，试验过新能源了，绝对不会有任何负作用的，大家都可以放心使用。”
*欢呼声*
众人：“太好了~！万岁~！”
埃米鲁：“我还没说完，对于前段时间，克罗西亚政府方面对于开发新能源的态度，在此我表示强烈的鄙视，我们要的不是一个懦弱无能的克罗西亚政府，而是一个能够领导我们走向更好未来的强大政府！我相信我们一定会做得比克罗西亚政府更好！那就请大家今天起，就支持我们吧！！”
众人：“埃米鲁将军万岁！埃米鲁将军万岁！”
（克罗西亚总部）
西普琳：“情、情况不妙啦！殿下，在机场发生大面积暴乱，已经派遣了一些士兵去那里镇压，可是，看来完全没效果，要不要联络下‘TA’呢？”
Axl：“好。”
西普琳：“奇、奇怪？怎么会这样呢？”
Axl：“怎么了？西普琳？”
西普琳：“对方切断了联络。”
Axl：“想必已经去了现场了吧，这样吧，告诉我坐标，把我传送到那里。”
西普琳：“恩，好的，传送准备~！3、2、1…传送！”
（序章：机场）
西普琳：“在机场发生了暴乱，目前还不确定是什么原因，但是，或许和某种像Σ芯片那样的东西有关吧。”
Axl：“Σ芯片？那不是在六年前就已被消灭的吗？”
西普琳：“我们也不知道，但我们会尽快得出结论的，殿下，那边就拜托你了。”
Axl：“好。”（Mission Start）
（来到中BOSS房间，VS中BOSS：巨型战舰，打败后发生剧情）
埃米鲁：“殿下，很高兴在这里跟你碰面。”
Axl：“埃米鲁，你是来救援的吧？”
埃米鲁：“救援？你以为呢？”
Axl：“难道你…？”
埃米鲁：“对！我会用我自己，亲自试验，证明给你看！你看，新能源——J-Talisman并没有什么负作用，对吧？”
Axl：“但是，你现在的症状就像是中了Σ芯片一样。”
埃米鲁：“不！我们没有中Σ芯片！而是我们内心深处就是这么想的！看着吧！人们在这里惊呼！尖叫！他们在盼望着救世主的降临！而我，只要能用J-Talisman的力量去拯救他们，我也会成为英雄的！”
Axl：“J-Talisman，我想你最好离开那种东西！”
埃米鲁：“那么，就让我们在克罗西亚被我们取代的那一天再见吧！还有一点，Axl，很多事情是你无法想像的，但是却是必然的，你无法阻止它的发展！就像你无法阻止我们一样！”（离开）
西普琳：“殿下，我都听到了，看起来发生暴乱的那些半机械人都是‘TA’的。”
Axl：“不可能，‘TA’一直都是防卫和平的友好组织，怎么会突然引发这么大的暴乱呢？”
西普琳：“我想这一定和那个叫J-Talisman的东西有关…”
Axl：“似乎是这样，但是，这里的暴乱还没平息。”
西普琳：“恩，我也得进快查出原因。”
（来到BOSS房间）
达雷尼：“埃米鲁将军让我在这里等候你！Axl！”
Axl：“你是‘TA’的吧？”
达雷尼：“对，将军让我来取你性命！”
Axl：“请问他为什么要这么做呢？”
达雷尼：“我没必要知道为什么，总之，我只负责执行他的命令，那就拿命来吧！！”（Warning）
（若被他打败）
达雷尼：“看来，在这场战争中，‘TA’注定是要取代克罗西亚的了！将军！任务已完成！”
（打败他后）
达雷尼：“呃…你……你这家伙……”
Axl：“快告诉我，埃米鲁将军为什么会突然背叛克罗西亚呢？！”
达雷尼：“因为…啊……嘎啊……呜啊啊啊啊——！！！！！！！！！！”（大爆炸）
西普琳：“那边的暴乱似乎得以平息了，殿下，先回总部来。”
Axl：“好。”（Mission Complete）
（剧情动画：克罗西亚总部）
Axl：“你是说…由J-Talisman而引发的吗？”
西普琳：“好像还不能确定，因为具体的原因，还需做进一步分析，对了，月球城市里发来了信号，是否接收呢？”（选‘是’/‘否’）
（选‘否’）
西普琳：“那么，等你想接收的时候，我会随时打开。”
（选‘是’，打开信号）
比利亚特：“请问这里是克罗西亚吗？”
Axl：“您是…？”
比利亚特：“我是…比利亚特博士……确切的说……我是被你们流放到这里的……”
Axl：“流放？”
比利亚特：“100年了……过了100年……我已对我所犯下的罪深刻的忏悔了……我所能做的，就是在我有生之年，将我在月球城市里开发出的新能源——J-Talisman，献给地球……”
Axl：“那么，J-Talisman会不会有什么负作用呢？”
比利亚特：“这个嘛……如果不落到心术不正的人手里是不会有什么负作用的……”
Axl：“但是，‘TA’的埃米鲁将军，已经使用上了，现在开始发动暴乱了。”
比利亚特：“那只能说明一个问题……欲望……跟我当年一样……但是J-Talisman如果好好利用的话，一定能解决地球上日益严重的能源问题的，这点我可以用我的生命担保！”
Axl：“可是，就算我们获得了J-Talisman，可是没人了解它，我们怎么研发呢？”
比利亚特：“这点很简单，只要您肯下令将我释放，我就会从轨道电梯上到地球上，然后开始帮助您研究J-Talisman。”
Axl：“好吧，从今天起，你被释放了！”
比利亚特：“谢谢，您真是太仁慈了~！Axl殿下~！我一定会尽我全力，报效克罗西亚的！”
Axl：“那么，从今天起就开始研究吧，博士。”
比利亚特：“是！殿下！”
西普琳：“殿下！在世界各地发现异常信号！”
Axl：“这到底是…怎么回事呢？”
西普琳：“是‘TA’发来的信号。”
埃米鲁：“Axl！我们的战士已从世界各地开始响应了！克罗西亚马上将会成为我的天下！我劝你最好还是投降比较好！”
Axl：“不到最后一刻，绝不投降！就算克罗西亚还剩下最后一个人，我们也会保卫它！”
埃米鲁：“那么，既然你不肯投降，那我也就…总之，这个世界迟早是我的！”
西普琳：“异常信号正在检索中，请稍后再试，对了，殿下您现在可以先跟大家说说话。”
（——议政堂——）
狄斯克斯：“Axl殿下，现在‘TA’正妄想颠覆克罗西亚，我们正在商议对策。”
狄斯克斯：“上一届议政堂大臣卡德莫斯所采用的方案成功制止了Σ芯片的入侵，或许我们可以参考他的方案击退‘TA’的反乱分子。”
狄斯克斯：“殿下，这是我在埃米鲁将军来克罗西亚与您会面时捡到的，里面或许有什么秘密吧？”【得到 磁盘】
狄斯克斯：“您已经解开这张磁盘的秘密了吗？如果还没的话，最好去请教下斯贝库拉教授哦~”
（——宣政院——）
米达斯：“我已按照您的意思下达了作战命令。”
米达斯：“虽然Σ芯片的威胁已经消失，但比起现在出现的新威胁来说，Σ芯片只能算是皮毛而已。”
米达斯：“在米迦勒代理您治理克罗西亚时，有一次他留下来的东西，我收藏起来了。”【得到 磁盘】
米达斯：“相信我们，我们一定会处理好的。”
（——科学部——）
斯贝库拉：“看来那家伙要来了啊。”
Axl：“教授，您知道为什么‘TA’会突然和我们…？”
斯贝库拉：“100年前，有个家伙曾发动了‘芯片战争’，结果被当时的统治者放逐到了月球上。”
Axl：“难道是…比利亚特博士？”
斯贝库拉：“看来他已经再次出现了啊。”
Axl：“但我看他不像是想做什么坏事的样子，倒像是真心在忏悔。”
斯贝库拉：“J-Talisman，如果不是他，怎么会突然出现在地球上呢？”
Axl：“或许是因为埃米鲁将军自己从某个地方获得的呢？”
斯贝库拉：“也有这个可能，因为只要有轨道电梯，随时都可以登陆月球。对了，刚才西普琳说她已经找到异常信号的具体地点了。”
Axl：“是吗？那我这就过去。”
（再次进入）
斯贝库拉：“殿下，请问有什么事吗？”（选‘分析磁盘’/‘调出存档’/‘对话’）
（选‘分析磁盘’）
斯贝库拉：“请问要分析哪一张磁盘呢？”
（选‘调出存档’）
斯贝库拉：“请问要做什么呢？”（选‘save’‘load’‘delete’）
（选‘对话’）
斯贝库拉：“100年前，在轨道电梯事件结束后还有一场不为人知的‘芯片战争’，而发动那场战争的人，对整个世界造成了毁灭性的灾难，我们不希望100年前的历史再次上演，所以殿下，我们要时刻小心那个人。”
斯贝库拉：“关于J-Talisman，我们会加紧研究的，一定能找出其中的秘密，鉴于六年前Σ芯片的负面影响，我们在研究时会格外小心的。”
（——秘密审判司——）
拉达曼多：“殿下，我们正在草拟新的法案。”
米诺西亚：“依照律法，比利亚特博士现在是不能释放的。”
亚尔高：“如果那些人真的想破坏现在的安宁和平，我们会以神圣的法律名义制裁他们。”
（——卫生部——）
宾娜（站在门口的护士）：“Axl殿下您好，欢迎光临。”
希瑟：“好不容易可以休息一段时间了，最近的伤员又突然增加了许多，真是的，为什么战争一个接一个来呢？”
希瑟：“如果哪天没有战争该多好啊，哈哈哈，呀，我拿错药了，不好意思，不过，在拿药的时候发现了这个东西。”【得到 磁盘】
希瑟：“我希望没有人来我这里，所以我不希望有人受伤。”
宾娜（Axl走出房间）：“殿下请您慢走。”
（——外交部——）
拉菲尔：“我们正试图同各国商议对策，应对这场新的危机。”
拉菲尔：“虽然比起米迦勒大人，我可能会逊色很多，但我一定会尽我全力维护好整个世界的稳定，促进各国关系正常发展的。”
（——国防部——）
塞布利：“现在‘TA’已经开始反乱了，我们已部署了兵力正准备同‘TA’对抗。”
塞布利：“如果当时埃米鲁将军肯听我的劝告的话事情就不会发展成这样了，但是，当时我注意到埃米鲁将军身上带着一张磁盘。”【得到 磁盘】
塞布利：“像六年前一样，我们一定会誓死保卫克罗西亚！”
盖兰特：“为什么好不容易得来的安宁又被打破了呢？”
修梅尔：“我相信‘TA’里的都是些热爱和平的人！”
艾塔克：“如果那些家伙敢来捣乱，我就用我的炮弹教训他们！”
狄芬多：“我一定会好好防卫克罗西亚！绝对不会让‘TA’的阴谋得逞！”
菲达：“什么埃米鲁将军，什么J-Talisman…就像回到了六年前，不过至少六年前‘TA’还没出世呢。”
（来到指令室）
西普琳：“Axl殿下，比利亚特博士来了。”
比利亚特：“您真是太仁慈了，Axl殿下。”
Axl：“那么，你就在前面的那间实验室里研究吧。”
比利亚特：“恩，很感谢您，殿下，我一定会尽我所能完成我的研究的。”（离开）
（来到比利亚特的实验室）
系统：“研究中，请勿打扰。”
（来到指令室）
西普琳：“已经检测出异常地点，现在开始打开异常地点分布情况。”
（打开选关画面）
Stage01：极地流冰
任务01：调查沉船
BOSS01：霜冻冰鲤
西普琳：“在该区域的冰层下面有一艘豪华客艇，在数百年前曾遇难而沉入冰层中，虽然客艇上的所有人全都已死亡，但客艇却在无人操纵的状态下朝着深渊方向前进，目的似乎是要引发海啸，要去调查这艘客艇吗？”（选‘是’/‘否’）
（选‘是’）
西普琳：“传送准备！传送开始！3、2、1…传送！”
（选‘否’回到选关画面）
Stage02：古罗马斗兽场
任务02：回收J-Talisman资料
BOSS02：烬燃蝎尾狮
西普琳：“这座古罗马斗兽场里散布着一些J-Talisman的资料，这或许有助于我们对J-Talisman的研究，由于资料的关系，‘TA’方面似乎已蠢蠢欲动，我们要赶在‘TA’之前找到资料，现在就去回收吗？”（选‘是’/‘否’）
Stage03：广播电塔
任务03：阻断电波
BOSS03：雷霆千足虫
西普琳：“这座广播电塔，正向四周传播着干扰电波，而且，干扰电波造成周围电力设施故障，看样子似乎要摧毁克罗西亚的电力供应系统，要去阻断干扰电波吗？”（选‘是’/‘否’）
Stage04：藏书室
任务04：拆除炸弹
BOSS04：爆弹玉米
西普琳：“这座藏书室里有大量资料，目前正在被卡德莫斯看管着，据卡德莫斯的情报，‘TA’似乎想炸毁那座藏书室，已在那里设下了炸弹，在炸弹还未引爆前，请将它们全部拆除，要去拆除隐藏在藏书室里的炸弹吗？”（选‘是’/‘否’）
Stage05：逆空间回廊
任务05：阻止空间入侵
BOSS05：重力水熊
西普琳：“用于开发异次元空间的逆空间回廊，产生大量可疑能量，并且正在不断增值，使空间变形扭曲，似乎有人入侵了逆空间回廊，企图将空间引入异次元，要去阻止入侵吗？”（选‘是’/‘否’）
Stage06：维克多号旅行艇
任务06：停止故障
BOSS06：疾风喜鹊
西普琳：“这艘旅行艇在行驶途中发生故障，由于不明原因导致机械失灵，旅行艇上载有大量乘客，虽然乘客均已安全逃生，但无人控制下的旅行艇已经驶入城市上空，一旦坠毁后果不堪设想，要去停止故障吗？”（选‘是’/‘否’）
Stage07：精灵之森
任务07：阻止导弹发射
BOSS07：光韵獬豸
西普琳：“这片森林是仿造神话中精灵们所住的森林建造的，是游乐场中的一部分，但是在森林中却发现了被禁止使用的破坏性极强的核导弹，一旦让导弹发射，将会给刚再生不久的自然环境带来毁灭性的再次破坏，要去阻止导弹发射吗？”（选‘是’/‘否’）
Stage08：死寂之街
任务08：消灭病毒
BOSS08：暗夜青行灯
西普琳：“这片区域已经荒废了很久了，一直都很平静，但是管理该区域的中央电脑却被病毒侵入了，拒绝任何生命体靠近，导致那片区域像地狱一般寂静。虽然采用了防火墙但是病毒繁殖得异常迅速，必须在病毒突破防火墙入侵主控电脑前将它们消灭，要去消灭病毒吗？”（选‘是’/‘否’）
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